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Médico emitindo nota fiscal eletrônica NFS-e pelo computador
Gestão Financeira

Nota Fiscal de Serviço para Médico PJ em 2026: NFS-e Passo a Passo

Como emitir NFS-e para médico PJ em 2026: portal nfse.gov.br, CNAE correto, ISS municipal (2-5%), retenção na fonte por planos de saúde, diferença entre NFS-e e recibo. Guia prático com exemplos.

Regularizar minhas notas fiscais
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por Lourival Cardoso
Contador Especialista em Saúde / PleniHub · CRC-SP 165344/O-2
09 de março de 2026 · 9 minWhatsAppLinkedIn
Resposta Direta
Em 2026, médicos PJ são obrigados a emitir NFS-e (Nota Fiscal de Serviço Eletrônica) para todos os serviços — consultas, cirurgias, laudos e plantões. A emissão é feita pelo portal nfse.gov.br com login Gov.br (nível prata/ouro) ou certificado digital. O ISS varia de 2% a 5% conforme o município — em São José dos Campos, Taubaté e Jacareí, a alíquota para consultas médicas é de 2%. Hospitais e planos de saúde retêm ISS + IRRF (1,5%) + CSRF (4,65%) na fonte ao pagar o médico PJ.

O que é NFS-e e por que é obrigatória em 2026

A NFS-e (Nota Fiscal de Serviço Eletrônica) é o documento fiscal oficial para prestação de serviços no Brasil. Para médicos PJ, a emissão é obrigatória desde janeiro de 2026 — mesmo para pacientes particulares que pagam em dinheiro ou Pix. A base legal é a LC 116/2003 (ISS) e a LC 175/2020 (NFS-e nacional).

⚠️ Atenção: A partir de 2026, a Receita Federal e as prefeituras cruzam os dados do Receita Saúde (DMED) com as NFS-e emitidas. Médicos PJ que não emitem nota fiscal para pacientes particulares ficam expostos a autuações fiscais e multas municipais de até 100% do valor do serviço não documentado.

Como emitir NFS-e pelo portal nfse.gov.br

  • 1. Acesse nfse.gov.br e faça login com Gov.br (nível prata ou ouro) ou certificado digital A1/A3
  • 2. Cadastre o CNPJ, inscrição municipal e dados bancários para débito automático do ISS
  • 3. Clique em "Emitir NFS-e" e preencha: tomador (CPF/CNPJ do paciente ou plano), código do serviço (4.01 para consultas), descrição e valor
  • 4. Informe deduções (materiais, se houver) e retenções (ISS, IRRF, CSRF se tomador PJ)
  • 5. Transmita — a prefeitura valida e gera o XML. Guarde o arquivo por 5 anos
  • 6. Envie o DANFSe (PDF da nota) ao paciente ou plano de saúde
💡 Dica PleniHub: Configure o portal para enviar o DANFSe automaticamente por e-mail ao paciente após cada emissão. Isso evita esquecimentos e demonstra profissionalismo. Para clínicas com alto volume, sistemas de gestão como Simplifique ou MedPlus integram a emissão de NFS-e diretamente ao prontuário.

CNAE correto para médicos PJ

CNAEDescriçãoUso
8630-5/01Atividades de atenção à saúde humana — médicosConsultórios médicos, clínicas ambulatoriais
8630-5/02Atividades de atenção à saúde humana — odontólogosConsultórios odontológicos
8630-5/03Atividades de atenção à saúde humana — psicólogosConsultórios de psicologia
8610-1/01Atividades de atendimento hospitalarClínicas com internação (equiparação hospitalar)
8640-2/02Laboratórios clínicosLaboratórios de análises clínicas
Regularizar emissão de NFS-e para médico PJ — PleniHub

ISS sobre serviços médicos: alíquotas municipais

O ISS é um imposto municipal. A alíquota varia de 2% a 5% conforme o município e o tipo de serviço. Para médicos no Vale do Paraíba:

MunicípioAlíquota ISS (consultas)Alíquota ISS (cirurgias)Retenção na fonte
São José dos Campos2%2%Sim (tomador PJ)
Taubaté2%3%Sim (tomador PJ)
Jacareí2%2%Sim (tomador PJ)
Caçapava2%2%Sim (tomador PJ)
Pindamonhangaba2%2%Sim (tomador PJ)

Retenção na fonte por hospitais e planos de saúde

Quando um hospital ou operadora de plano de saúde paga um médico PJ, deve reter os seguintes tributos na fonte:

TributoAlíquotaBase de cálculoQuem recolhe
IRRF1,5%Valor bruto da NFS-eTomador (hospital/plano)
PIS/COFINS/CSLL (CSRF)4,65%Valor bruto da NFS-eTomador (hospital/plano)
ISS2% a 5%Valor do serviçoTomador (conforme município)
⚠️ Atenção: O médico PJ que sofre retenção de IRRF (1,5%) usa esse valor como crédito tributário na DCTF mensal. Não é perda — é antecipação do imposto que seria pago na apuração trimestral. Guarde todos os comprovantes de retenção emitidos pelo tomador.

NFS-e para pacientes particulares

Para pacientes particulares (pessoas físicas), a NFS-e é emitida com o CPF do paciente como tomador. Não há retenção de ISS ou IRRF — o médico PJ recolhe o ISS diretamente à prefeitura. O paciente pode usar a NFS-e como comprovante de despesa médica na declaração do IRPF.

NFS-e vs. recibo: qual a diferença

CaracterísticaNFS-eRecibo
Validade fiscalDocumento fiscal oficialComprovante simples (não fiscal)
ObrigatoriedadeObrigatória para PJ em 2026Apenas para PF não habilitada
ISSCalcula e declara ISS automaticamenteNão gera obrigação de ISS
Uso no IRPF do pacienteAceita pela Receita FederalAceito com CPF do prestador
Validade para planos de saúdeObrigatória para reembolsoPode ser recusada
Consultoria sobre NFS-e para médicos — PleniHub
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⚠️ Aviso Legal: Este artigo tem caráter exclusivamente educativo e informativo. As alíquotas de ISS mencionadas são baseadas nas legislações municipais vigentes em março de 2026 e podem ser alteradas pelos municípios. Consulte sempre um contador habilitado (CRC ativo) para verificar as obrigações específicas do seu município.

Perguntas Frequentes (FAQ)

Lourival Cardoso — Contador CRC-SP 165344/O-2, especialista em médicos PJ
Lourival Cardoso
Sócio-Fundador e Especialista em Gestão Tributária · Grupo LHC / PleniHub
CRC-SP: 165344/O-2
Médicos PJPlanejamento TributárioAbertura de PJVale do Paraíba

Sócio do Grupo LHC e especialista tributário, Lourival Cardoso atua como empresário contábil há mais de 30 anos. Atualmente é sócio-consultor do Grupo LHC, com escritórios em Santos e São José dos Campos, onde garante um modelo de assessoria contábil, BPO Financeiro e BPO RH, dentre outras soluções em gestão, focado em excelência.

Formado em Ciências Contábeis e em Administração de Empresas, iniciou sua carreira no setor corporativo na década de 1980 e seguiu para o empreendedorismo, sendo referência profissional e técnica na estruturação tributária segura, transparente e confiável para o setor da saúde (PleniHub) e diversos outros segmentos empresariais no país.

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